「啟動台灣健康資料單一窗口」(Launching Gateway to Health Data in Taiwan)研討會於10月15日在APAMI 第12屆亞太地區醫療資訊學會2022年會假國立臺北護理健康大學國際會議廳成功舉辦,本次會議實體參與人數來自15個國家,共超過250人、線上參加人數超過300位。國家衛生研究院執行跨部會「健康大數據永續平台計畫」,在衛生福利部「健康大數據永續計畫」補助下,規劃建置「台灣健康大數據整合服務平台」之單一窗口服務網站,推動台灣健康資料單一搜尋窗口,本次研討會邀請國內外專家,從生醫數據的收集運用衍生到健康醫療福祉知識的持續累積進行深入分享與交流,期許台灣在數據應用能發揮優勢,提升精準健康產業的發展帶動台灣的國際競爭力。
Computable Biomedical Knowledge: From Mass Access to Mass Action to Improve Health
主講人:Dr. Charles P. Friedman
The Learning Health Community的主席 Dr. Charles P. Friedman於本演講介紹可計算的生醫知識概念(computable biomedical knowledge, CBK),現今資訊技術可用以下兩種方式來呈現生物醫學知識:人類可讀的文字、符號和圖形以及機器可讀的可執行代碼,我們可以稱後者為“可計算的知識”。人類可讀的知識能夠實現足以支持科學發現的"mass access",但可計算的知識支持 "mass action",這是支持大規模改善健康所必需的。
Integrating Clinical Health Data through National Biobank Consortium of Taiwan Partnership
主講人:李修安 博士
健康資料的治理(data governance),乃為建構精準醫療發展的根基。國家衛生研究院癌症研究所-李修安博士以「Integrating Clinical Health Data through National Biobank Consortium of Taiwan Partnership」為題,介紹國家級人體生物資料庫整合平台(National Biobank Consortium of Taiwan, NBCT)如何執行跨機構之數據整合,並且以符合我國之個人資料保護法、人體試驗管理辦法、人體生物資料庫管理條例等相關規定為前提,從資料涵蓋的內容、資料擷取、處理整合與去識別化等流程做完整介紹。國家級人體生物資料庫整合平台研究團隊,以mCODE的六大架構為基礎,並且考量癌症病人之病程(patient journey)各階段之資料特徵,規劃具有完整資訊之癌症主題資料庫,包含癌症病人基本資料、共病症、手術等處置、化學治療、檢驗檢查數據、治療反應、存活狀態等真實世界數據。藉由癌症主題資料庫的建置,可加速精準醫療研究發展,提升人群健康。
財團法人國家實驗研究院國家高速網路與計算中心,簡稱國網中心(National Center for High-performance Computing, NCHC),於1991年成立。國網中心副研究員-林沿妊博士於會議中以「Trusted Research Environment in Taiwan」為題,介紹國網中心的生物資學數據平台以及其值得信賴的研究環境。因隨著定序的成本下降及數位影像興起、資料上升、高速運算時代來臨,國網中心提供國內各界高速計算、高品質網路、高效能儲存、大資料分析等雲端整合服務,包含醫學中心、中研院臺灣人體生物資料庫等都為國網中心之合作對象。例如「LIONS Data Frameworks」為涵蓋次世代基因資料、生醫影像資料、生醫詮釋資料等資料集,為數據共享和授權管理提供環境。「Cloud Data Analysis and Sharing Platform」則是醫療機構透過加密的方式將資料上傳至國網中心,國網中心會針對資料進行檢核後做資料治理,之後在特定的平台讓使用者申請資料,待授權通過後進行健保資料串接,再做第二次去識別化,並透過API將資料放入安全的環境做運算。透過國網中心提供的服務,有助於兼顧個資保密以及資料高速運算的需求,提供研究所需的必要值得信賴的資訊環境。
Using Natural Language Processing to Curate Information from Unstructured Electronic Health Records
主講人:戴鴻傑 教授
國立高雄科技大學電機工程學系系主任戴鴻傑教授於本演講中分享自然語言處理(NLP)技術在非結構電子健康記錄的應用。戴教授以需耗費大量人力的癌症登記步驟為例,透過 NLP 技術如何進行自動化分析摘錄。戴教授介紹了幾個以臺灣既有資料建構的 NLP 語料庫,如:Depressive Symptom Recognition and Negation Scope Corpus(Annotations for depressive symptoms and negation scopes in EHRs)等,以及可運用於改善癌症登記流程的幾種 NLP 方法,以及對應的臨床應用,如病患篩選、暴力因子分析等,並指出 NLP 技術在健康大數據永續平台計畫之單一窗口服務及資料治理架構計畫中將扮演從原始臨床病例文本資料中挖掘出特定表徵,並將之轉換成病患數位表現型的重要角色。
HDR UK’s experience in building our Health Data Innovation Gateway and convening Trusted Research Environments
主講人:Neil Postlethwaite 技術總監
Neil Postlethwaite為International COVID-19 Data Alliance(ICODA)、HDR Global和HDR’s Innovation Gateway的技術總監。他於2020年9月加入HDR UK,負責提供解決方案,幫助研究人員發現和分析全球數據集,同時尊重機密性和隱私。Neil Postlethwaite技術總監介紹HDR UK的使命為整合英國健康數據,以實現增加人們的壽命;願景為透過大數據分析來造福與每一位患者的互動、臨床試驗、生物醫學發現並且改善公共衛生。技術總監於演講分享HDR Innovation Gateway平台不僅使健康數據可查找、可訪問、可互操作和可重複使用,平台更以可信任研究環境(TRE)作為確保隱私及數據安全使用,過程中便能建立並累積公眾的信任。