資料簡介與沿革
疾病管制署「COVID-19疫苗接種與COVID-19確診、中重症及死亡資料檔」的數據係由「全國性預防接種資訊管理系統(NIIS)」以及「法定傳染病通報系統(NIDRS)」結合而成，於2023年11月首次開放申請，最初版本為單一檔案，即以本國籍NIIS疫苗接種紀錄為資料清單，再串接NIDRS的確診紀錄(含中重症及死亡等不良預後資訊)組合而成。該資料區間為2021年3月至2022年9月，在疫苗接種紀錄部分，僅有兩劑基礎劑及一劑追加劑(基礎加強劑)的施打疫苗廠牌及接種日期，另包含加密之個人ID、出生年月、性別及確診相關紀錄，共14個欄位，若資料區間有重複感染者，紀錄僅有首次確診之相關紀錄。

2024年4月衛生福利資料科學中心提供疾病管制署更新版資料，將原先已合併NIIS及NIDRS的單一資料檔，還原為「COVID-19疫苗接種檔」及「COVID-19確診、中重症及死亡資料檔」兩個獨立檔案，資料區間則延伸至2022年12月底。此外，這次的資料也將非本國籍的個案資料加入，在疫苗施打紀錄也再增加了追加劑的接種廠牌與日期的紀錄。疫苗檔原則上每人一筆紀錄，而確診資料檔則為累計資料，每確診一次會有一筆紀錄，讓重複確診之紀錄得以使用。

2025年1月疾病管制署再次提供更新版資料檔，主要的更新在於後續疫苗接種紀錄的延伸，疫苗紀錄資料期間延伸至2023年12月底；而由於COVID-19於2023年5月1日起調整為第四類法定傳染病，故此次的資料更新在「COVID-19確診、中重症及死亡資料檔」未做變動與調整。

使用注意事項
由於資料本身來自行政系統，部分資料會因疫苗施打及個案確診規定之調整而動態異動；資料以公費COVID-19疫苗首次開打(2021年3月21日)之前在籍之本國及外籍人士為資料清冊，國人若曾在境外施打疫苗，則依據其入境之申報資料作為登錄紀錄，另有少數資料可能有疫苗接種時序錯位之問題；由於「COVID-19確診、中重症及死亡資料檔」中是否死亡，係由專家委員會依死診與相關事證進行研判，少數資料會出現「COVID-19確診、中重症及死亡資料檔」是否死亡之判斷與「死因統計檔」中死因分類不一致的情況；此外，由於當時COVID-19確診通報作業滾動調整，部分資料之確診日期可能與「全民健保處方及治療明細檔_門急診」中之疾病就醫日期有不一致的情況；另外，資料中仍存有一些小錯誤，例如: 極少數重複ID、出生年月與全民健保承保檔不相同等；其餘使用注意事項，使用者可參考此衛生福利資料科學中心之資料庫譯碼簿中料庫使用手冊中所記載說明之內容。

資料研究應用舉偶
「COVID-19疫苗接種與COVID-19確診、中重症及死亡資料檔」主要可應用於COVID-19相關主題的研究，例如：疫苗保護效益、疫苗不良反應等相關研究主題，也可結合全民健保資料庫相關之門急住診之醫療利用檔、重大傷病檔、承保檔等資料，進行COVID-19相關疫苗接種行為、醫療利用、長新冠症候群、及對個別特定疾病患者之影響等議題之相關研究。